На строк до кінця 2018 року Закон про автономізацію передбачає, що кошти, не використані ЗОЗ зі статусом казенного чи комунального некомерційного підприємства протягом бюджетного періоду, не вилучаються та можуть бути використані у подальшому виключно з метою фінансування діяльності таких державних чи комунальних ЗОЗ, у тому числі для оновлення матеріально-технічної бази, з урахуванням вимог законодавства та установчих документів.
При цьому невикористання такими ЗОЗ бюджетних коштів та/або коштів, отриманих за договорами про медичне обслуговування населення, не може бути підставою для зменшення обсягу бюджетних коштів, що будуть перераховані такому закладу охорони здоров’я у наступному бюджетному періоді, за умови належного виконання договорів про медичне обслуговування населення.